Aqui lo que estas viendo es la diferencia entre los 'motores' de proceso de RAW.
Hacer una imagen a partir de un archivo RAW es un proceso que implica algunas variables que son imposibles de saber, excepto para el fabricante, el archivo RAW trae dentro un 'mosaico' de 4 capas de pixeles, Verde, Rojo, Azul y Verde (si, dos veces verde) que es el producto del arreglo de bayer, estas capas representan la luminancia solamente (el valor 'luminico' de cada capa de color RGBG) El Motor de "RAW" asigna (y aqui esta la primer variable grave) el rango y el TONO exacto de color para describir el VERDE, ROJO y AZUL... El verde tiene una longitud de onda de aprox 510nm, el Azul de 475nm, Rojo es aproximadamente 650nm, pero en el filtro bayer estas caracteristicas especificas solamente las conoce el fabricante, asi como que tanto 'spread' o que tanto 'sangran' hacia los lados, o sea, digamos que el 'VERDE' esta centrado en 510nm, pero que tanto mas arriba y abajo deja pasar de luz? es como un filtro 'bandpass' o 'paso de banda' que solamente el fabricante conoce sus caracteristicas...
Otra variable 'criminal' es la influencia electrostatica en el nivel 'negro' de cada pixel. Otra seria la curva especifica de respuesta a la luz, el pixel tiene 'ruido negro' y un limite de saturacion del pozo, entre estos dos parametros tenemos el rango utilizable, pero la captacion (muestreo) de fotones en el pozo del pixel es variable, dependiendo de la densidad (cantidad de luz), el tiempo de exposicion y la longitud de onda a captar vs. el area captora y la profundidad fisica del pozo... otra vez, son variables que solamente el fabricante conoce...
...y saben que? esa informacion NO se la sueltan a nadie, ni a Adobe.
Entonces Adobe, CaptureOne y demas tienen que aplicar ingenieria REVERSA para mas o menos derivar un algoritmo y obtener un resultado aceptable de su proceso de RAW....
Por eso, al procesar tus NEF en ViewNX2 estas obteniendo resultados correctos, que compensan las caracteristicas del sensor de tu camara y te presenta la mejor conversion (demosaic) de tu archivo RAW... Al pasarlo a TIFF o incluso JPG veeras mejores saturaciones, colores mas solidos, texturas mas nitidas, que el resultado que te puede ofrecer Lightroom/ACR (que usan el mismo 'motor').
Respuesta: Ya viste 'la luz' y te das cuenta de que a pesar de que es muy comodo, Lighroom hace un trabajo mediocre al procesar RAW. Tal vez te convenga mas hacer un poco mas de trabajo, procesar con ViewNX2 tus NEF (O Digital Photo Professional para tus CR2) y Luego post-procesarlos con Photoshop, o Lightroom, o lo que gustes....
TIFF o JPG, para esos tamanios de impresion no te va a ocasionar tanta diferencia (tirandole a ninguna, excepto con los mas buenos sistemas de impresion y observandolo con cuentahilos)